Une AAC désigne la zone en surface sur laquelle l’eau qui s’infiltre ou ruisselle alimente le captage. L’extension de ces surfaces est généralement plus vaste que celle des périmètres de protection de captage.

Cette zone est délimitée dans le but principal de lutter contre les pollutions diffuses risquant d’impacter la qualité de l’eau prélevée par le captage.

Une bactérie est dite "aéro-anaérobie" ou "aérobie facultative" quand elle peut se développer en présence d'oxygène (respiration aérobie) ou en absence d'oxygène (respiration anaérobie ou fermentation).

L'aérobie désigne la capacité (ou le besoin) d'un organisme (ou d'un micro-organisme,) à se développer dans l'air ambiant. En termes plus techniques, on définit un organisme aérobie comme un être vivant dont la voie métabolique de production d'énergie peut utiliser le dioxygène O₂ comme accepteur d'électron.

Un milieu est dit "aérobie" s'il contient du dioxygène.

Les AGV ou Acides Gras Volatils sont des molécules intermédiaires de fermentation, résidus des actions d'hydrolyses et d'acidogenèse de la matière organique. L'acide acétique (C2) est majoritaire puis les acides propionique et butyrique, précurseurs d'un dysfonctionnement de digesteur.

Un milieu anaérobie est un milieu où il n'y a pas de dioxygène (O₂).

Une bactérie est dite "anaérobie stricte" lorsqu'elle ne se développe que dans un milieu sans oxygène. Dans ce cas, l'oxygène est de plus un poison.

Une bactérie est dite "anaérobie facultative" ou "aéro-anaérobie" lorsqu'elle peut se développer en présence d'oxygène (respiration aérobie) ou en absence d'oxygène (respiration anaérobie ou fermentation).

ANSES : Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'alimentation de l'Environnement et du travail

L'ANSES est établissement à caractère administratif placé sous la tutelle des ministères chargés de la Santé, de l'Agriculture, de l'Environnement, du Travail et de la Consommation.

L'ANSES assure des missions de veille, d'expertise, de recherche et de référence sur un large champ couvrant la santé humaine, la santé et le bien-être animal ainsi que la santé végétale.

Un antibiotique (du grec anti : « contre », et bios : « la vie ») est une substance naturelle ou synthétique qui détruit ou bloque la croissance des bactéries.

Une bactérie est un organisme vivant, procaryote (sans noyau,) unicellulaire, microscopique (invisible à l’œil nu), présent dans tous les milieux (ubiquiste) et se reproduisant par division cellulaire (duplication).

Certaines bactéries sont pathogènes, c'est-à-dire responsable de maladies, mais l'immense majorité est inoffensive.

D'autres nous sont utiles à la fabrication de produits alimentaires (fromage, yaourt, alcool, vinaigre, …) ou dans la production industrielle de nombreux composés chimiques (production de méthane en méthanisation, production d'insuline, d'hormone de croissance et de vaccins en industrie pharmaceutique …).

Les biofilms sont des communautés de micro-organismes (bactéries, champignons) adhérant entre eux et en contact avec une surface.

Ils se forment généralement dans l'eau ou en milieu aqueux.

Le biogaz est un gaz résultant du processus de dégradation biologique des matières organiques en l'absence d'oxygène. 

Il contient une forte proportion de méthane (50 % en moyenne). 

Il possède un fort potentiel calorifique et énergétique.

Le botulisme  (du radical latin botulus, « boudin », d'après les premiers aliments mis en cause) est une maladie paralytique rare mais grave, le plus souvent d'origine alimentaire, touchant les humains et les autres animaux.

Cette maladie est  causée par une neurotoxine qui est produite par la bactérie Clostridium botulinum

Une Culture Intermédiaire Piège à Nitrates (CIPAN) est une culture temporaire de plantes à croissance rapide destinées à protéger les parcelles entre deux cultures de vente. 

Ces couverts sont obligatoires dans certaines régions ou zones à cause des risques de pollution des eaux par les nitrates.

La Charge Organique ou CO représente la charge appliquée à un digesteur définie comme le flux de matière organique entrant dans le réacteur. 

La charge organique est ramenée à l'unité de volume du réacteur. Elle est exprimée en kg MO/m³ de réacteur par jour.

Les CTO ou Composés Traces Organiques comprennent de nombreuses familles de molécules.

Dans le cadre de la norme AFNOR NFU 44 051, seule la famille des Hydrocarbures aromatiques Polycycliques Aromatiques est recherchée.

La DCO ou Demande Chimique en Oxygène est une mesure indirecte de la concentration en matière organique.

Elle est exprimée en mg d'O₂/L.

Un désinfectant est une substance capable de détruire ou d'empêcher le développement des microbes au niveau des milieux inertes (non vivants : sols, instruments, etc.).

Le digestat est la matière obtenue après digestion du substrat. 

Il se présente, en sortie de digesteur, sous la forme d'un produit humide : 

• liquide (de type boue), 
• pâteux 
• ou solide.

Un digesteur est un réacteur composé d'une cuve étanche au gaz et isolé thermiquement, où se déroule la fermentation des déchets à forte teneur en matière organique. 

Ce digesteur est également appelé réacteur à biogaz ou méthaniseur. Il existe différentes formes et tailles de digesteurs.

L'EBE ou Exploitation Brut d'Exploitation est un indicateur économique permettant de mesurer la ressources financière disponible après paiement des charges de fonctionnement.

Une épizootie est une épidémie qui frappe les animaux de la même espèce ou d'espèce différentes dans une région donnée.

Certains éléments traces métalliques sont recherchés dans le cadre de la norme NFU 44 051,9 :

• Arsenic (As)
  
• Cadnium (Cd)
  
• Chrome (Cr)
  
• Mercure (Hg)
  
• Nickel (Ni)
  
• Plomb (Pb)
  
• Sélénium (Se)
  
• Zinc (Zn)
  
• Cuivre (Cu)
  

La fermentation est un processus biologique se déroulant dans un milieu privé d'oxygène (milieu anaérobie).

La fermentation permet de produire de l'énergie (sous forme d'ATP) même en absence d'oxygène, mais avec un rendement plus faible. Elle est utilisée par un très grand nombre d'organismes, depuis la bactérie jusqu'à l'être humain.

Certains organismes utilisent exclusivement cette voie métabolique, d'autres alternent entre fermentation et respiration, en fonction des conditions (présence d'O₂, concentration en glucose, etc.).

La fermentation est aussi utilisée dans de nombreux processus industriels, comme la production de fromage, d'alcool, de biocarburant, de méthane etc.

Les effluents d'élevage (lisier, purin …) sont soit directement introduits dans le digesteur soit transférés vers une pré fosse de mélange. 

Il s'agit donc d'un réservoir temporaire pour le transit des effluents d'élevage.

La fosse de stockage du digestat est une cuve à l'intérieur de laquelle le digestat est stocké temporairement avant son utilisation ultérieure.

On appelle ICPE ou Installation Classée pour la Protection de l'Environnement, les usines, ateliers, dépôts, chantiers et, d'une manière générale, les installations exploitées ou détenues par toute personne physique ou morale, publique ou privée, qui peuvent présenter des dangers ou des inconvénients soit pour la commodité du voisinage, soit pour la santé, la sécurité, la salubrité publiques, soit pour l'agriculture, soit pour la protection de la nature, de l'environnement et des paysages, soit pour l'utilisation rationnelle de l'énergie, soit pour la conservation des sites et des monuments ainsi que des éléments du patrimoine archéologique.
Source : légifrance

Le droit des ICPE est principalement régi par le livre I et le livre V du code de l'environnement.

Le régime ICPE est défini dans la loi du 76-663 du 19 juillet 1976.

L'ISB ou Indice de Stabilité Biologique est un indicateur de stabilité de la matière organique permettant d'évaluer le degré de maturité du compost et l'efficacité du procédé.

Une levure est un champignon unicellulaire ayant la capacité de fermenter.

Les levures sont utiles en  transformation alimentaire pour la fabrication du vin, de la bière, des alcools industriels, des pâtes levées et des antibiotiques.

Un local technique est un local qui contient les équipements nécessaires au suivi des installations (dispositif de commande et de régulation), au traitement du biogaz mais pas à la valorisation de celui-ci.

La Matière Brute ou MB est la quantité totale de la matière intégrant la matière sèche et l'eau.

Les bactéries, dites "méthanogène" ou plus précisément à métabolisme méthanogène, sont des bactéries qui produisent du méthane comme sous produit métabolique de la vie  en anaérobie.

Ce sont des bactéries anaérobies strictes.

Un microorganisme est un Être microscopique, invisible à l’œil nu.

Les microorganismes sont classés en 4 grandes familles :

• les bactéries
  
• les levures
  
• les moisissures
  
• les virus.

La Matière Organique ou MO est obtenue par calcination à 550°C du résidu sec d'un produit.

Les moisissures sont des êtres vivants unicellulaire, champignons, microscopiques 

Le mot moisissure désigne l'apparition d'un «champignon microscopique, de couleur verdâtre ou blanchâtre, qui se développe, à la faveur de l'humidité».

Elles se reproduisent et se propagent par des spores.

La Matière Sèche ou MS d'un échantillon est obtenue par évaporation de l'eau dans une étuve à 105°C jusqu'à l'obtention d'un poids constant.

Volume de gaz ramené aux conditions standards de pression et de température (0°C, 1 bar).

Le Pouvoir Calorifique Inférieur ou PCI désigne la quantité de chaleur dégagée par la combustion d'une unité de masse de produit (1 kg) ou de volume (Nm³).

Le pH est un paramètre essentiel du pilotage d'un réacteur de méthanisation.

L'écosystème anaérobie est très sensible aux variations du pH et en particulier sur les populations de microorganismes méthanogènes.

Le pH optimum d'un digesteur se situe au-delà de la valeur 7.

Après avoir traversé le digesteur, le substrat est envoyé dans le post-digesteur dans lequel la substance organique dégradable est complètement décomposée.

Fosse à l'intérieur de laquelle les effluents d'élevage sont mélangés avec les autres matières organiques provenant de l'exploitation (déchets de culture, herbe…) ainsi que les co-substrats, matières organiques provenant de l'extérieur de l'exploitation (déchets verts …).

Dispositif pour l'évacuation de l'eau de condensation de la conduite de biogaz

Enceinte à l'intérieur de laquelle le biogaz est stocké provisoirement jusqu'à son utilisation finale (dispositif thermique...).

Cellule reproductive (pluricellulaire dans certains cas)

La spore constitue une des étapes du cycle de vie de nombreuses bactéries, plantes, algues, champignons, voire de certains protozoaires.

Certaines bactéries dites "sporulantes" ont la capacité de fabriquer des spores Lorsque les conditions redeviennent favorables, la spore, qui est la forme de résistance de la bactérie, peut redonner une forme végétative : c'est la germination.

Matières organiques destinées à la fermentation.

Le Temps de Séjour ou TS est un paramètre utilisé pour estimer le temps moyen de séjour d'un produit dans un réacteur.

Une espèce est qualifiée d'ubiquiste ou encore ubiquitaire lorsqu'elle se maintient dans plusieurs biotopes tout en occupant des niches écologiques variées, éventuellement avec une distribution géographique étendue.

Une Unité Fonctionnelle ou UF constitue un ensemble de matériels et d'actions relatifs à une étape  du fonctionnement de l'installation de méthanisation.

Local contenant les équipements de valorisation du biogaz : un moteur à combustion et un générateur pour la production couplée de courant et de chaleur, ou une chaudière.

 Un xénobiotique est une molécule chimique polluante et parfois toxique à l'intérieur d'un organisme, y compris en faibles voire très faibles concentrations. 

Deux cas typiques de xénobiotiques sont les pesticides, et les médicaments, en particulier les antibiotiques.

Les zoonoses sont des maladies et infections dont les agents se transmettent naturellement des animaux vertébrés à l'être humain, et vice-versa.

Ces infections peuvent avoir différentes origines : virale (virus), bactérienne (bactérie), fongique (moisissure ou champignon), parasitaire (parasite)...